Hücre Boyama adlı bir teknik, ilaç keşfini hızlandırabilir

Şimdi bazıları yeni bir paradigmayı benimsiyor: Her şeyi ölç, sonra soru sor. Bu slogan, Harvard ve MIT’nin Broad Institute’daki bir laboratuvarını yönetiyor ve burada araştırmacılar, bir hücrenin iç işleyişi hakkında yıllarca gözden geçirebilecekleri bir bilgi hazinesi oluşturmak için bir yöntem geliştirdiler. Hücre Boyama olarak bilinen yöntem, birkaç ilaç şirketindeki bilim adamlarını o kadar etkiledi ki, bir konsorsiyum kurdular ve Kasım ayında halka yayınlamaya başladıkları devasa bir veri seti oluşturma yaklaşımını kullanarak kaynakları bir araya topladılar. JUMP-Hücre Boyama Konsorsiyumu olarak adlandırılan veri tabanının, araştırmacıların gelecek vaat eden bileşikleri tanımlamasına ve moleküller hayvanlarda veya hayvanlarda test edilmeden önce ne yaptıkları ve ne tür yan etkileri olabileceği konusunda daha iyi bir fikir edinmelerine yardımcı olarak ilaç keşfini hızlandıracağını umuyor. insanlar.

Hücre Boyama, çekirdek ve mitokondri gibi hücrenin ana bileşenlerini aydınlatmak için altı adede kadar floresan boya kullanır. Bir mikroskop, çeşitli lekelerin görüntülerini çeker ve yazılım boyut, şekil, yoğunluk ve doku gibi morfolojik özellikleri ölçer ve örneğin görüntü tabanlı bir profilini oluşturur. Yöntemi geliştiren ve Broad Institute laboratuvarına Shantanu Singh ile birlikte liderlik eden hesaplamalı biyolog Anne Carpenter, “Yönetebileceğiniz hemen hemen en basit görüntüleme testi” diyor. “Misyonumuz kesinlikle en ucuz, en kolay boyaları seçmekti.”

Kullanım kolaylığının ötesinde, Hücre Resminin gücü, tek bir deneyden gelen veri hacminde yatmaktadır. Yeni yayınlanan veritabanı, 140.000’den fazla bozulmaya yanıt veren hücrelerin görüntülerini içeriyor – ya bir ilaç tedavisi ya da bir genin aktivitesini artıran veya azaltan başka bir modifikasyon. Bu veri setini kullanarak, Carpenter ve meslektaşlarından bazıları, hızla büyüyen bir kas kanserinde yer alan anahtar bir gen tarafından etkilenen aynı yapıları etkiliyor gibi görünen bir düzine bileşik buldular. Broad araştırmacıları, yüzlerce numuneyi çok sayıda ıslak laboratuvar deneylerinden geçirmek yerine, birkaç yıl önce genin adını veri tabanına yazarak ilaç listesini buldular.

Pennsylvania Üniversitesi’nde belirli bir kas kanserini araştıran biyolog TS Karin Eisinger, “Bu, çok daha az adım içeren ve çok daha az maliyetli olan tamamen farklı bir yaklaşım” diyor. Ekibi, ıslak laboratuvar testlerinde bileşikleri doğrulamak için Carpenter’s ile birlikte çalıştı ve iki bilim adamı, en umut verici adayları daha da geliştirmek için bir şirket kuruyor. Diğerleri biraz daha ileride: Carpenter’ın danışmanı olduğu Salt Lake City’deki bir şirket olan Recursion Pharmaceuticals, Cell Painting’in bir versiyonu kullanılarak tanımlanan ilaç adaylarını test etmek için şimdiden beş klinik deneme başlattı.

Kamuya sunulmasını tamamlarken, konsorsiyum üyeleri, farmasötiklerin ve tarım kimyasallarının toksisitesini tahmin etmek için Hücre Boyama sonuçlarını diğer verilerle eşleştirip eşleştiremeyeceklerini görmek için Washington, DC merkezli Sağlık ve Çevre Bilimleri Enstitüsü ile birlikte çalışmaya hazırlanıyor. .

Esther Landhuis, San Francisco Körfez Bölgesi’nde yaşayan bir bilim ve sağlık gazetecisidir.